В църквата на манастира „Св. Минерва“ в присъствието на всички членове на съда на Инквизицията, който продължи два месеца, 69-годишният физик и астроном Галилео Галилей, съгласно присъдата, пада на колене и се отрича от пропагандата на идеите на Коперник като еретично учение. В резултат на процеса, въпреки съгласието да се откаже от коперниковата теория и покаянието, Галилей е осъден на доживотен затвор, който скоро е заменен от домашен арест и надзор до края на живота на учения.
Процесът срещу Галилей впоследствие се превърна в символ на противопоставянето на науката и религията или в по-широк смисъл – свободата на мисълта и догматизна на религията, претендираща за абсолютен духовен монопол.
Както се изясни по-късно, Галилей не е произнасял „И все пак тя се върти“.
До тази мисъл Ватиканът идва самостоятелно, но много години по-късно. И решава да оправдае учения за неговата 400-та годишнина през 1964 г., но съдът, назначен от папа Павел VI, отсъжда, че въпросът не е безспорен.
В резултат на това грешката на папа Урбан VIII, който осъди Галилео, трябваше да бъде поправена от Йоан Павел II. Той нареди да се направи допълнително разследване на този съдебен казус и през 1992 г. Ватиканът най-накрая реши, че Галилео е бил невинен.
